Želvy
Leonardo
Raphael
Donatello
Michelangelo
Venus

Arzenál
Zbraně/Výbava
Vozidla

Spojenci
Protivníci

Děj Želv Ninja začíná pětidílným úvodem, ve kterém se Želvy (Leonardo, Raphael, Donatello a Michelangelo) stále potýkají s Klanem Foot. Z Číny přichází pátá želva Venus de Milo, aby pomohla Třískovi, jehož duch byl uvězněn v Říši snů. Venus využívá své mystické schopnosti shinobi a poráží Trhače tak, že rozpustí jeho zlou mysl. Klan Foot se následně rozpadá a Želvy věří, že jejich největší hrozba pominula. S oslabením hranice mezi světy uniká ze zakletého zrcadla Dračí Lord a jeho armáda humanoidních draků zvaná Řád. Draci se usídlují v New Yorku a jejich cílem je pochytat a sníst Želvy, aby získali jejich mutagenní sílu a ovládli svět. První polovina sezóny se točí kolem soubojů o magické předměty a suroviny pro sérum neporazitelnosti, o které usiluje poskok Dračího Lorda, Wick.

V polovině sezóny se objevuje nová frakce, upířii vedení Vam Mi. Želvy se ocitají uprostřed boje mezi draky a upíry, kteří usilují o znovuzískání srdce svého dávného vůdce. Dočasně dochází k nečekaným spojenectvím, kdy se želvy musí bránit oběma nadpřirozeným hrozbám zároveň. Jsou zde také konflikty s dalšími záporáky jako jsou lovec Simon Bonesteel, Silver a další Vrcholí také napětí mezi Leonardem a Raphaelem, které musí Venus urovnat připomínáním jejich společné historie. Dračí Lord se nakonec pokusí získat pomoc od zbytku klanu Foot, což vede k finálním konfrontacím sezóny.

Mimo samotný seriál se děj protnul s Vesmírnými Strážci, kde byly želvy dočasně ovládnuty vesmírnou zlou princeznou Astronemou, ale nakonec pomohli Strážcům k jejímu poražení. Seriál končí rekapitulací přínosu Venus pro tým. Kvůli nízké sledovanosti byl seriál zrušen, takže příběh zůstal bez definitivního uzavření osudu Dračího Lorda.